BioJulia系列-BioGenerics

bioinformatics, biojulia, doc, julia    
  1. IO
  2. 测试

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BioGenerics包定义了BioJulia中的很多基础方法, 是很多其他包的依赖。

IO

  • BioGenerics.IO.AbstractFormattedIO - Type: 抽象IO类型

  • BioGenerics.IO.AbstractReader - Type: 抽象读类型

  • BioGenerics.IO.AbstractWriter - Type: 抽象写类型

  • BioGenerics.IO.stream - Function: 文件流, 返回IO对象, AbstractFormattedIO的子类型必须包含该函数

  • BioGenerics.IO.tryread! - Method: tryread!(reader, output)尝试从reader中读取下一个元素到output中, 如果不能成功读取, 返回nothing

测试

  • BioGenerics.Exceptions.MissingFeldException - Type: 在record缺少某一元素时抛出的错误

  • BioGenerics.Testing.intempdir: intempdir(f::Function, parent = tempdir()) 在临时目录中执行函数f, 函数执行藏后, 目录会被清理掉

  • BioGenerics.Testing.random_aa(n), 生成长度为n的随机氨基酸序列, Swarn{为啥新版的random_aa不支持prob参数了???}

  • BioGenerics.Testing.random_dna(n, prob), 生成长度为n的随机DNA序列

  • BioGenerics.Testing.random_rna(n, prob), 生成长度为n的随机RNA序列

  • BioGenerics.Testing.random_seq(n, nts, prob), 生成长度为n的随机序列, 根据nt(ATCGU)

  • BioGenerics.Testing.random_array(n::Integer, e, probs): 根据元素集合e和其对应的概率probs, 生成长度为n的向量

  • BioGenerics.Testing.random_interval(min_start, max_stop): 生成左右边界内的标准